Prev

Next

Index-> contents reference index search external

Up-> cppad_mixed _index

_index

Keyword Index
A
B
C
D
E
F
G
H
I
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
) A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
  A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( u | theta )
, A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
... User Defined Class Derived From cppad_mixed: ...
01-01 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-01
01-04 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-04
01-05 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-05
01-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-09
01-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-10
01-13 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-13
01-14 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-14
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 01-14
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 01-14
01-15 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-15
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 01-15
01-16 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-16
01-19 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-19
01-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-21
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 01-21
01-22 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-22
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 01-22
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 01-22
01-23 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 01-23
01-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 01-24
01-25 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-25
01-26 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 01-26
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 01-26
02-05 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-05
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 02-05
02-06 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 02-06
02-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-07
02-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-08
02-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-10
02-11 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-11
02-12 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-12
02-20 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 02-20
02-26 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 02-26
03-01 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-01
03-02 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-02
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 03-02
03-04 Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 03-04
03-06 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-06
03-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 03-07
03-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-08
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 03-08
03-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 03-09
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-09
03-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-10
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 03-10
03-11 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-11
03-12 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-12
03-15 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-15
03-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-18
03-20 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-20
03-22 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 03-22
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-22
03-23 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-23
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-23
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 03-23
03-25 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-25
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-25
03-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 03-27
03-28 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 03-28
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-28
03-29 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 03-29
04-01 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-01
04-02 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-02
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 04-02
04-03 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-03
04-05 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-05
04-06 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-06
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 04-06
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 04-06
04-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-07
04-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-08
04-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-09
04-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-10
04-15 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-15
04-16 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-16
04-17 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-17
04-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-18
04-19 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-19
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 04-19
04-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 04-21
04-23 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-23
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 04-23
04-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 04-24
04-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-27
04-29 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 04-29
05-01 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-01
05-03 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 05-03
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 05-03
05-04 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 05-04
05-06 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 05-06
05-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 05-07
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-07
05-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 05-08
05-11 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 05-11
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-11
05-15 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 05-15
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-15
05-17 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-17
05-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2022: 05-18
05-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 05-21
05-26 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-26
05-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 05-27
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-27
05-28 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-28
05-29 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 05-29
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-29
05-30 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 05-30
05-31 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 05-31
06-03 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-03
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-03
06-04 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-04
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 06-04
06-05 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-05
06-06 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-06
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-06
06-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-07
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 06-07
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 06-07
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-07
06-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-08
06-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 06-09
06-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-10
06-11 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-11
06-12 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-12
06-13 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-13
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-13
06-14 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 06-14
06-17 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-17
06-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-18
06-19 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-19
06-20 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 06-20
06-22 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-22
06-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-24
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 06-24
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-24
06-26 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-26
06-29 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 06-29
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 06-29
06-30 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 06-30
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 06-30
07-02 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 07-02
07-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-09
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 07-09
07-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-10
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 07-10
07-12 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-12
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 07-12
07-13 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-13
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 07-13
07-14 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-14
07-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-18
07-19 Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 07-19
07-20 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-20
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 07-20
07-23 Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 07-23
07-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 07-24
07-25 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-25
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 07-25
07-26 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-26
07-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-27
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 07-27
07-28 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 07-28
07-29 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 07-29
08-01 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 08-01
08-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-08
08-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-09
08-12 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 08-12
08-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-18
08-20 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-20
08-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 08-21
08-22 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-22
08-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-27
08-30 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 08-30
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 08-30
08-31 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 08-31
09-02 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-02
09-14 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-14
09-15 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-15
09-16 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-16
09-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-18
09-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-21
09-23 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 09-23
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-23
09-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 09-24
09-25 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 09-25
09-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 09-27
09-30 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 09-30
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 09-30
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 09-30
10-06 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-06
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 10-06
10-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 10-07
10-08 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018: 10-08
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2019: 10-08
10-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 10-09
10-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 10-10
10-14 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-14
10-15 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-15
10-16 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-16
10-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-18
10-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 10-21
10-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-24
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 10-24
10-25 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-25
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2021: 10-25
10-27 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-27
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 10-27
10-28 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-28
10-30 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 10-30
10-31 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 10-31
11-02 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 11-02
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-02
11-03 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-03
11-04 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 11-04
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-04
11-05 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-05
11-07 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 11-07
11-09 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 11-09
11-18 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-18
11-19 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-19
11-21 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-21
11-23 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-23
11-30 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 11-30
12-10 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015: 12-10
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 12-10
12-13 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015: 12-13
12-14 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015: 12-14
12-16 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015: 12-16
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 12-16
12-22 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 12-22
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 12-22
12-24 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015: 12-24
12-25 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015: 12-25
      Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 12-25
12-28 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017: 12-28
2015 Changes and Additions to cppad_mixed During 2015
2016 Changes and Additions to cppad_mixed During 2016
2017 Changes and Additions to cppad_mixed During 2017
2018 Changes and Additions to cppad_mixed During 2018
2019 Changes and Additions to cppad_mixed During 2019
2020 Changes and Additions to cppad_mixed During 2020
2020-03-22 Observed Information Matrix: Example and Test: Deprecated 2020-03-22
           Compute the Observed Information For Fixed Effects: Deprecated 2020-03-22
           cppad_mixed: Public Declarations: information_mat, Deprecated 2020-03-22
2021 Changes and Additions to cppad_mixed During 2021
2022 Changes and Additions to cppad_mixed During 2022
A
a*u^(theta) C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Function, A*u^(theta)
a1_double Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Scalar Types.a1_double
          User Defined Fixed Effects Constraint Function: a1_double
          User Defined Fixed Likelihood Function: a1_double
a1_sparse_rcv Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Sparse Types.a1_sparse_rcv
a1_vector Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Vector Types.a1_vector
a_nnz Initialization After Constructor: size_map.A_nnz
a_nr Initialization After Constructor: size_map.A_nr
a_rcv User Defined Class Derived From cppad_mixed: A_rcv
aborting CppAD Mixed Wish List: Aborting Optimization
absolute Absolute Value In Log-Density: Example and Test
accept_after_max_steps Optimize Fixed Effects: fixed_ipopt_options.accept_after_max_steps
actual_seed A Capture Example and Speed Test: Output.actual_seed
            A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.actual_seed
additions Changes and Additions to cppad_mixed During 2015
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2016
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2017
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2018
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2019
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2020
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2021
          Changes and Additions to cppad_mixed During 2022
          Changes and Additions to cppad_mixed
after Initialization After Constructor
alpha_du Ipopt Trace Information: alpha_du
         Description of Ipopt Tracing Output: alpha_du
alpha_pr Ipopt Trace Information: alpha_pr
         Description of Ipopt Tracing Output: alpha_pr
also Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
     Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: See Also
     Sample Posterior for Fixed Effects: See Also
     User Defined Class Derived From cppad_mixed: See Also
api Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-15.API Change
    User API Examples
approximate Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
            Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Laplace Objective, H(beta, theta, u)
            Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects
approximation Optimize Fixed Effects: Laplace Approximation
              Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Approximation, h(theta, u)
              Laplace Approximation for Mixed Effects Models
              C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
ar1_xam Example Using ar1_xam
ar1_xam_ok A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.ar1_xam_ok
are Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
    User API Examples: Programs That are Examples and Speed Tests
argument An Ipopt Options Argument
arguments A Capture Example and Speed Test: Command Arguments
          A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments
assumption Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u).Assumption
asymptotic CppAD Mixed Wish List: Better Asymptotic Statistics
auto-regressive A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test
B
b(beta Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
begin Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Begin Namespace
better CppAD Mixed Wish List: Better Asymptotic Statistics
bin/run_cmake.sh: bin/run_cmake.sh: User Configuration Options
bool_sparsity A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.bool_sparsity
              A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.bool_sparsity
              User Defined Class Derived From cppad_mixed: bool_sparsity
bounds Warm Starting Optimization: Example and Test: Bounds
brief CppAD Mixed Exceptions: brief
build_type Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: build_type
           bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: build_type
C
c Mathematical Notation: c
  C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Fixed Constraints, c
c(theta) A Capture Example and Speed Test: c(theta)
         C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Constraint Function, c(theta)
c++ Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.C++ Compiler
    C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
c_l Mathematical Notation: c_L
c_u Mathematical Notation: c_U
called User API Examples: Functions Defined by cppad_mixed and Called by User
       User API Examples: Functions Defined by User and Called by cppad_mixed
callgrind Example Using capture_xam: test2run.callgrind
          Example Using ar1_xam: test2run.callgrind
capture A Capture Example and Speed Test
capture_xam Example Using capture_xam
capture_xam_ok A Capture Example and Speed Test: Output.capture_xam_ok
catcher CppAD Mixed Exceptions: catcher
cause Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
change Changes and Additions to cppad_mixed During 2020: 03-15.API Change
changes Changes and Additions to cppad_mixed During 2015
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2016
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2017
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2018
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2019
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2020
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2021
        Changes and Additions to cppad_mixed During 2022
        Changes and Additions to cppad_mixed
check Installing cppad_mixed in Unix: cppad_mixed.Check
class User Defined Class Derived From cppad_mixed
class: mixed_cppad Derived Class: Example and Test
cmake Installing cppad_mixed in Unix: cppad_mixed.Cmake Command
      Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.cmake
cmake_install_prefix bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: cmake_install_prefix
cmake_libdir Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: cmake_libdir
             bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: cmake_libdir
code Example Using capture_xam: test2run.Source Code
     A Capture Example and Speed Test: Source Code
     Example Using ar1_xam: test2run.Source Code
     A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Source Code
     Optimize Fixed Effects: Example and Test: Source Code
     C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Source Code Repository
col Sparse Matrix Information: col
column Sparse Matrix Information: Notation.Column Major Order
command A Capture Example and Speed Test: Command Arguments
        A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments
        Installing cppad_mixed in Unix: cppad_mixed.Cmake Command
compile Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Compile and Link
compiler Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.Fortran Compiler
         Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.C++ Compiler
compute Compute the Observed Information For Fixed Effects
        Compute the Hessian of The Random Effects Objective
        Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
conditional Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Conditional Covariance
            Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
configuration bin/run_cmake.sh: User Configuration Options
constant Sample Posterior for Fixed Effects: Constant Fixed Effects
         User Defined Fixed Likelihood Function: vec.constant
         User Defined Random Likelihood Function: vec.constant
constraint Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Constraint Equations
           User Defined Fixed Effects Constraint Function
           Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
           C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Function, A*u^(theta)
           C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Matrix, A
           C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Constraint Function, c(theta)
constraints Constraints On Random Effects: Example and Test
            Sample Posterior for Fixed Effects: Constraints
            Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Hessian of Random Constraints
            Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Random Constraints
            C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Random Constraints
            C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Fixed Constraints, c
constraints: Using Constraints: Example and Test
constructor Initialization After Constructor
            cppad_mixed: Public Declarations: constructor
convention Optimal Solution Returned by optimize_fixed: Convention
covariance Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: Covariance
           Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Conditional Covariance
           Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Unconstrained Subset Covariance
           Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
           Sample Posterior for Fixed Effects: Covariance
cppad CppAD Mixed Wish List
      CppAD Mixed Exceptions
      Types Defined in the CppAD Mixed Namespace
      User Defined Class Derived From cppad_mixed: CppAD ErrorHandler
      cppad_mixed: Public Declarations: Cppad Mixed Types
      Installing cppad_mixed in Unix: Special Requirements.CppAD
cppad::mixed The CppAD::mixed Namespace Public Declarations
cppad_mixed Changes and Additions to cppad_mixed During 2015
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2016
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2017
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2018
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2019
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2020
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2021
            Changes and Additions to cppad_mixed During 2022
            Changes and Additions to cppad_mixed
            User API Examples: Functions Defined by cppad_mixed and Called by User
            User API Examples: Functions Defined by User and Called by cppad_mixed
            User Defined Class Derived From cppad_mixed: cppad_mixed
            User Defined Class Derived From cppad_mixed
            Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
            Installing cppad_mixed in Unix: Example.Using cppad_mixed
            Installing cppad_mixed in Unix: cppad_mixed
            Installing cppad_mixed in Unix
cppad_mixed-20220519 C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
cppad_mixed.pc bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: cmake_libdir.cppad_mixed.pc
cppad_mixed: cppad_mixed: Public Declarations
cppad_mixed_version A Capture Example and Speed Test: Output.cppad_mixed_version
                    A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.cppad_mixed_version
create Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Create Temporary
D
d_norm Ipopt Trace Information: d_norm
d_sparse_rcv CppAD Mixed Wish List: d_sparse_rcv
             Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Sparse Types.d_sparse_rcv
d_vector Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Vector Types.d_vector
data Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
     A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.Data
     C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Data Density, p(y|theta,u)
     C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Data Density, p(z|theta)
     C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Data, y, z
debug bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Debug and Release
declarations The CppAD::mixed Namespace Public Declarations
             cppad_mixed: Public Declarations
default User Defined Fixed Effects Constraint Function: vec.Default
        User Defined Fixed Likelihood Function: vec.Default
        User Defined Random Likelihood Function: vec.Default
defined User API Examples: Functions Defined by cppad_mixed and Called by User
        User API Examples: Functions Defined by User and Called by cppad_mixed
        Types Defined in the CppAD Mixed Namespace
        User Defined Fixed Effects Constraint Function
        User Defined Fixed Likelihood Function
        User Defined Random Likelihood Function
        User Defined Class Derived From cppad_mixed
        cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions
demonstrate User API Examples: Demonstrate Specific Features
density C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Data Density, p(y|theta,u)
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Prior Density, p(u|theta)
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Data Density, p(z|theta)
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Prior Density, p(theta)
deprecated Observed Information Matrix: Example and Test: Deprecated 2020-03-22
           Compute the Observed Information For Fixed Effects: Deprecated 2020-03-22
           cppad_mixed: Public Declarations: information_mat, Deprecated 2020-03-22
derivative Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Laplace Objective
           Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Random Constraints
           Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Optimal Random Effects
derivative_test A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.derivative_test
                A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.derivative_test
                Optimize Fixed Effects: fixed_ipopt_options.derivative_test
derivatives Random Effects Variance May Cause Data Mismatch: Derivatives
derived mixed_cppad Derived Class: Example and Test
        User Defined Class Derived From cppad_mixed
description CppAD Mixed Exceptions: description
            Description of Ipopt Tracing Output
destructor cppad_mixed: Public Declarations: destructor
discussion Description of Ipopt Tracing Output: Discussion
distribution Simulation the Posterior Distribution for Random Effects
download Installing cppad_mixed in Unix: Download
during Changes and Additions to cppad_mixed During 2015
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2016
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2017
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2018
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2019
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2020
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2021
       Changes and Additions to cppad_mixed During 2022
       Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
E
effects Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
        Compute the Observed Information For Fixed Effects
        Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
        Simulation the Posterior Distribution for Random Effects
        Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Fixed Effects Subset
        Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
        Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
        Sample Posterior for Fixed Effects: Constant Fixed Effects
        Sample Posterior for Fixed Effects
        Hessian of Random Effects Objective: Example and Test
        Compute the Hessian of The Random Effects Objective
        Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test
        Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
        Optimize Fixed Effects
        Optimize Random Effects
        User Defined Fixed Effects Constraint Function
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Optimal Random Effects
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Fixed Effects Objective, L(theta)
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Optimal Random Effects, u^(theta)
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u).Random Effects Objective
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.No Random Effects
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Optimal Random Effects, u^(theta)
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Effects, u
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Effects, theta
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
effects: Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
         Lasso on Fixed Effects: Example and Test
         Constraints On Random Effects: Example and Test
         No Random Effects: Example and Test
         Optimize Fixed Effects: Example and Test
         Optimize Random Effects: Example and Test
eigen bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Eigen Prefix
      Installing cppad_mixed in Unix: Special Requirements.eigen
empty Sparse Matrix Information: Notation.Empty Matrix
end Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: End Namespace
equations Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Constraint Equations
error_msg Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: error_msg
          Sample Posterior for Fixed Effects: error_msg
errorhandler User Defined Class Derived From cppad_mixed: CppAD ErrorHandler
evaluation_method Optimize Random Effects: options.evaluation_method
example Warm Starting Optimization: Example and Test
        Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
        Lasso on Fixed Effects: Example and Test
        Constraints On Random Effects: Example and Test
        No Random Effects: Example and Test
        Absolute Value In Log-Density: Example and Test
        Example Using capture_xam
        A Capture Example and Speed Test: Example
        A Capture Example and Speed Test
        Example Using ar1_xam
        A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Example
        A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test
        Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
        Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
        Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: Example
        Observed Information Matrix: Example and Test
        Compute the Observed Information For Fixed Effects: Example
        Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
        Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: Example
        Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Example
        Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
        Sample Posterior for Fixed Effects: Example
        Hessian of Random Effects Objective: Example and Test
        Compute the Hessian of The Random Effects Objective: Example
        Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test
        Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: Example
        Optimize Fixed Effects: Example and Test
        Optimize Fixed Effects: Example
        Optimize Fixed Effects: warm_start.Example
        Optimize Random Effects: Example and Test
        Optimize Random Effects: Example
        Initialization After Constructor: Example
        Using Constraints: Example and Test
        User Defined Fixed Effects Constraint Function: Example
        Random Likelihood: Example and Test
        User Defined Fixed Likelihood Function: Example
        Random Likelihood: Example and Test
        User Defined Random Likelihood Function: Example
        mixed_cppad Derived Class: Example and Test
        User Defined Class Derived From cppad_mixed: Example
        Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Run Example
        Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
        An Example Installation
        Installing cppad_mixed in Unix: Example
example_file Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: example_file
example_name Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: example_name
examples CppAD Mixed Wish List: Examples
         User API Examples: Programs That are Examples and Speed Tests
         User API Examples
exceptions CppAD Mixed Exceptions
extra_cxx_flags bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: extra_cxx_flags
F
f(theta Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u)
false User Defined Class Derived From cppad_mixed: quasi_fixed.false
fatal_error cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions.fatal_error
features User API Examples: Demonstrate Specific Features
fields Initialization After Constructor: size_map.Other Fields
final_bytes A Capture Example and Speed Test: Output.final_bytes
            A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.final_bytes
first A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test
      Optimize Fixed Effects: Example and Test: First Order Partials
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.First Order, U(beta, theta, u)
fix_con_lag Optimal Solution Returned by optimize_fixed: fix_con_lag
fix_constraint cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions.fix_constraint
fix_constraint_lower Optimize Fixed Effects: fix_constraint_lower
fix_constraint_upper Optimize Fixed Effects: fix_constraint_upper
fix_like_fun.size_var Initialization After Constructor: size_map.fix_like_fun.size_var
fix_likelihood cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions.fix_likelihood
fixed CppAD Mixed Wish List: Fixed Likelihood Hessian
      Lasso on Fixed Effects: Example and Test
      Compute the Observed Information For Fixed Effects
      Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
      Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Fixed Effects Subset
      Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
      Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
      Sample Posterior for Fixed Effects: Constant Fixed Effects
      Sample Posterior for Fixed Effects
      Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test
      Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
      Optimize Fixed Effects: Example and Test
      Optimize Fixed Effects
      User Defined Fixed Effects Constraint Function
      User Defined Fixed Likelihood Function
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Fixed Effects Objective, L(theta)
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Fixed Likelihood, g(theta)
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Fixed Constraints, c
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Constraint Function, c(theta)
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Data Density, p(z|theta)
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Prior Density, p(theta)
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Effects, theta
fixed_in Optimize Fixed Effects: fixed_in
fixed_ipopt_options Optimize Fixed Effects: fixed_ipopt_options
fixed_lag Optimal Solution Returned by optimize_fixed: fixed_lag
fixed_lower Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: fixed_lower
            Sample Posterior for Fixed Effects: fixed_lower
            Optimize Fixed Effects: fixed_lower
fixed_opt Optimal Solution Returned by optimize_fixed: fixed_opt
fixed_scale Optimize Fixed Effects: fixed_scale
fixed_upper Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: fixed_upper
            Sample Posterior for Fixed Effects: fixed_upper
            Optimize Fixed Effects: fixed_upper
fixed_vec Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: fixed_vec
          Compute the Hessian of The Random Effects Objective: fixed_vec
          Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: fixed_vec
          Optimize Random Effects: fixed_vec
          Initialization After Constructor: fixed_vec
          User Defined Fixed Effects Constraint Function: fixed_vec
          User Defined Fixed Likelihood Function: fixed_vec
          User Defined Random Likelihood Function: fixed_vec
for_hes_sparsity bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: for_hes_sparsity
format An Ipopt Options Argument: Format
fortran Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.Fortran Compiler
free Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
free_gsl_rng Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: free_gsl_rng
from Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
     Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
     User Defined Class Derived From cppad_mixed
function User Defined Fixed Effects Constraint Function: Virtual Function
         User Defined Fixed Effects Constraint Function
         User Defined Fixed Likelihood Function: Virtual Function
         User Defined Fixed Likelihood Function
         User Defined Random Likelihood Function: Virtual Function
         User Defined Random Likelihood Function
         Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
         C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Function, A*u^(theta)
         C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Constraint Function, c(theta)
functions User API Examples: Functions Defined by cppad_mixed and Called by User
          User API Examples: Functions Defined by User and Called by cppad_mixed
          cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions
G
g Mathematical Notation: g
g(theta) Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Fixed Likelihood, g(theta)
g_info Ipopt Warm Start Information: g_info
generator Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
generator: Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
get Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
get_gsl_rng Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: get_gsl_rng
git Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.git
gsl Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
    Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
    Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.gsl
gsl_libs Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: gsl_libs
H
h Mathematical Notation: H
  Mathematical Notation: h
h(beta Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Laplace Objective, H(beta, theta, u)
h(theta Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Approximation, h(theta, u)
hes_fixed_obj cppad_mixed: Public Declarations: hes_fixed_obj
hes_fixed_obj_rcv Sample Posterior for Fixed Effects: hes_fixed_obj_rcv
                  Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: hes_fixed_obj_rcv
hes_random_obj cppad_mixed: Public Declarations: hes_random_obj
hes_random_obj_rcv Compute the Hessian of The Random Effects Objective: hes_random_obj_rcv
hessian CppAD Mixed Wish List: Fixed Likelihood Hessian
        Hessian of Random Effects Objective: Example and Test
        Compute the Hessian of The Random Effects Objective
        Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test
        Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Hessian of Random Constraints
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Hessian of Laplace Objective
hessian_approximation Optimize Fixed Effects: fixed_ipopt_options.hessian_approximation
hold_memory A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.hold_memory
            A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.hold_memory
I
inf Optimize Fixed Effects: inf
inf_du Ipopt Trace Information: inf_du
       Description of Ipopt Tracing Output: inf_du
inf_pr Ipopt Trace Information: inf_pr
       Description of Ipopt Tracing Output: inf_pr
information Ipopt Trace Information
            Ipopt Warm Start Information
            Sparse Matrix Information
            Observed Information Matrix: Example and Test
            Compute the Observed Information For Fixed Effects
            Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Sparse Observed Information
information_info Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: information_info
information_mat cppad_mixed: Public Declarations: information_mat, Deprecated 2020-03-22
information_mat_seconds A Capture Example and Speed Test: Output.information_mat_seconds
                        A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.information_mat_seconds
information_rcv Compute the Observed Information For Fixed Effects: information_rcv
initialization Initialization After Constructor
initialize cppad_mixed: Public Declarations: initialize
initialize_bytes A Capture Example and Speed Test: Output.initialize_bytes
                 A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.initialize_bytes
initialize_seconds A Capture Example and Speed Test: Output.initialize_seconds
                   A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.initialize_seconds
install CppAD Mixed Wish List: Windows Install
        Installing cppad_mixed in Unix: cppad_mixed.Install
installation An Example Installation
             Installing cppad_mixed in Unix: Example.Installation
installed Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
installing Installing cppad_mixed in Unix
integer An Ipopt Options Argument: Integer
ipopt Ipopt Trace Information
      Ipopt Warm Start Information
      Description of Ipopt Tracing Output
      An Ipopt Options Argument
      Installing cppad_mixed in Unix: Special Requirements.Ipopt
ipopt_fixed Optimize Fixed Effects: ipopt_fixed
ipopt_libs Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: ipopt_libs
ipopt_solve A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.ipopt_solve
            A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.ipopt_solve
iter Ipopt Trace Information: iter
     Description of Ipopt Tracing Output: iter
iterations Warm Starting Optimization: Example and Test: Maximum Iterations
K
k Sparse Matrix Information: row.K
L
l Mathematical Notation: L
l(theta) Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Fixed Effects Objective, L(theta)
lambda Ipopt Warm Start Information: g_info.lambda
laplace Optimize Fixed Effects: Laplace Approximation
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Hessian of Laplace Objective
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Laplace Objective, H(beta, theta, u)
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Laplace Objective
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Objective, r(theta)
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Approximation, h(theta, u)
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
lasso Lasso on Fixed Effects: Example and Test
ld_library_path Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: LD_LIBRARY_PATH
                Installing cppad_mixed in Unix: Paths.LD_LIBRARY_PATH
ldlt_cholmod A Capture Example and Speed Test: Output.ldlt_cholmod
             A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.ldlt_cholmod
             bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: ldlt_cholmod
lg(mu) Description of Ipopt Tracing Output: lg(mu)
lg(rg) Description of Ipopt Tracing Output: lg(rg)
license C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: License
likelihood CppAD Mixed Wish List: Fixed Likelihood Hessian
           User Defined Fixed Likelihood Function
           User Defined Random Likelihood Function
           Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Fixed Likelihood, g(theta)
           Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u)
           Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Total Likelihood
           C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Maximum Likelihood
likelihood: Random Likelihood: Example and Test
            Random Likelihood: Example and Test
link Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Compile and Link
linking Installing cppad_mixed in Unix: Example.Linking
list CppAD Mixed Wish List
log-density C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Negative Log-Density Vector
log-density: Absolute Value In Log-Density: Example and Test
lower Sparse Matrix Information: Notation.Lower Triangular
ls Description of Ipopt Tracing Output: ls
ls_trials Ipopt Trace Information: ls_trials
M
m_i A Capture Example and Speed Test: M_i
main Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: main
major Sparse Matrix Information: Notation.Row Major Order
      Sparse Matrix Information: Notation.Column Major Order
manage Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
manage_gsl_rng Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: manage_gsl_rng
               Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: manage_gsl_rng
               Sample Posterior for Fixed Effects: manage_gsl_rng
massif Example Using capture_xam: test2run.massif
       Example Using ar1_xam: test2run.massif
mathematical Mathematical Notation
matrix Sparse Matrix Information: Notation.Empty Matrix
       Sparse Matrix Information: Notation.Sparse Matrix
       Sparse Matrix Information
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Matrix, A
matrix: Observed Information Matrix: Example and Test
max_iter Optimize Fixed Effects: fixed_ipopt_options.max_iter
max_population A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.max_population
maximum Warm Starting Optimization: Example and Test: Maximum Iterations
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Maximum Likelihood
may Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
mean_logit_probability A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.mean_logit_probability
mean_logit_probability_estimate A Capture Example and Speed Test: Output.mean_logit_probability_estimate
mean_logit_probability_ratio A Capture Example and Speed Test: Output.mean_logit_probability_ratio
mean_logit_probability_std A Capture Example and Speed Test: Output.mean_logit_probability_std
mean_population A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.mean_population
mean_population_estimate A Capture Example and Speed Test: Output.mean_population_estimate
mean_population_ratio A Capture Example and Speed Test: Output.mean_population_ratio
mean_population_std A Capture Example and Speed Test: Output.mean_population_std
memory Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
       bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Testing Speed and Memory
method Sample Posterior for Fixed Effects: Other Method
mismatch Random Effects Variance May Cause Data Mismatch: Mismatch
         Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
mixed CppAD Mixed Wish List
      CppAD Mixed Exceptions
      Types Defined in the CppAD Mixed Namespace
      cppad_mixed: Public Declarations: Cppad Mixed Types
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
mixed_cppad mixed_cppad Derived Class: Example and Test
mixed_derived User Defined Class Derived From cppad_mixed: mixed_derived
mixed_object Compute the Observed Information For Fixed Effects: mixed_object
             Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: mixed_object
             Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: mixed_object
             Sample Posterior for Fixed Effects: mixed_object
             Compute the Hessian of The Random Effects Objective: mixed_object
             Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: mixed_object
             Optimize Fixed Effects: mixed_object
             Optimize Random Effects: mixed_object
             Initialization After Constructor: mixed_object
             User Defined Fixed Effects Constraint Function: mixed_object
             User Defined Fixed Likelihood Function: mixed_object
             User Defined Random Likelihood Function: mixed_object
             User Defined Class Derived From cppad_mixed: mixed_object
model Warm Starting Optimization: Example and Test: Model
      Random Effects Variance May Cause Data Mismatch: Model
      Lasso on Fixed Effects: Example and Test: Model
      No Random Effects: Example and Test: Model
      Absolute Value In Log-Density: Example and Test: Model
      Observed Information Matrix: Example and Test: Model
      Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test: Model
      Optimize Fixed Effects: Example and Test: Model
      Using Constraints: Example and Test: Model
models Laplace Approximation for Mixed Effects Models
models: C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519
mu Ipopt Trace Information: mu
   Ipopt Warm Start Information: mu
multi-threading CppAD Mixed Wish List: Multi-Threading and Statistics
N
n_fixed Initialization After Constructor: size_map.n_fixed
        User Defined Class Derived From cppad_mixed: n_fixed
n_random Initialization After Constructor: size_map.n_random
         User Defined Class Derived From cppad_mixed: n_random
namespace Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: End Namespace
          Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Begin Namespace
          Types Defined in the CppAD Mixed Namespace
          The CppAD::mixed Namespace Public Declarations
nan's Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
ndebug_defined A Capture Example and Speed Test: Output.ndebug_defined
               A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.ndebug_defined
negative C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Negative Log-Density Vector
new_gsl_rng Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: new_gsl_rng
nlp_scaling_method Optimize Fixed Effects: fixed_ipopt_options.nlp_scaling_method
no No Random Effects: Example and Test
   Optimize Fixed Effects: warm_start.No Warm Start
   C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.No Random Effects
normal Example Using capture_xam: test2run.normal
       Example Using ar1_xam: test2run.normal
notation Mathematical Notation
         A Capture Example and Speed Test: Notation
         Sparse Matrix Information: Notation
         Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Notation
         C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation
number Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
       Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
number_fixed_samples A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.number_fixed_samples
number_locations A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.number_locations
number_random A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.number_random
              A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.number_random
numeric An Ipopt Options Argument: Numeric
O
obj_value Ipopt Trace Information: obj_value
objective Random Effects Variance May Cause Data Mismatch: Objective
          Compute the Hessian of The Random Effects Objective
          Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
          Description of Ipopt Tracing Output: objective
          Optimize Fixed Effects: Example and Test: Objective
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Hessian of Laplace Objective
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Laplace Objective, H(beta, theta, u)
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Laplace Objective
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Fixed Effects Objective, L(theta)
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Objective, r(theta)
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u).Random Effects Objective
objective: Hessian of Random Effects Objective: Example and Test
           Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test
observed Observed Information Matrix: Example and Test
         Compute the Observed Information For Fixed Effects
         Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Sparse Observed Information
on Lasso on Fixed Effects: Example and Test
   Constraints On Random Effects: Example and Test
optimal Optimal Solution Returned by optimize_fixed
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Optimal Random Effects
        Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Optimal Random Effects, u^(theta)
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Optimal Random Effects, u^(theta)
optimization CppAD Mixed Wish List: Aborting Optimization
             Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
optimization: Warm Starting Optimization: Example and Test
optimize Optimize Fixed Effects: Example and Test
         Optimize Fixed Effects
         Optimize Random Effects: Example and Test
         Optimize Random Effects
optimize_cppad_function A Capture Example and Speed Test: Output.optimize_cppad_function
                        A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.optimize_cppad_function
                        bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: optimize_cppad_function
optimize_fixed Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-03.optimize_fixed
               Optimal Solution Returned by optimize_fixed
               cppad_mixed: Public Declarations: optimize_fixed
optimize_fixed_seconds A Capture Example and Speed Test: Output.optimize_fixed_seconds
                       A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.optimize_fixed_seconds
optimize_random Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-03.optimize_random
                cppad_mixed: Public Declarations: optimize_random
optimize_random_seconds A Capture Example and Speed Test: Output.optimize_random_seconds
                        A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.optimize_random_seconds
optimizer Warm Starting Optimization: Example and Test: Optimizer Trace
          Optimize Fixed Effects: Example and Test: Optimizer Warm Start
          Optimize Fixed Effects: Example and Test: Optimizer Trace
options An Ipopt Options Argument
        Optimize Random Effects: options
        bin/run_cmake.sh: User Configuration Options
order A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test
      Sparse Matrix Information: Notation.Row Major Order
      Sparse Matrix Information: Notation.Column Major Order
      Optimize Fixed Effects: Example and Test: First Order Partials
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.Second Order, W(beta, theta, u)
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.First Order, U(beta, theta, u)
other Sample Posterior for Fixed Effects: Other Method
      Initialization After Constructor: size_map.Other Fields
output A Capture Example and Speed Test: Output
       A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output
       Description of Ipopt Tracing Output
P
p Mathematical Notation: p
p( A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( u | theta )
   A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
p(n_i|theta) A Capture Example and Speed Test: p(N_i|theta)
p(theta) A Capture Example and Speed Test: p(theta)
         C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Prior Density, p(theta)
p(u|theta) A Capture Example and Speed Test: p(u|theta)
           C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Prior Density, p(u|theta)
p(y_it|n_i
     q_t) A Capture Example and Speed Test: p(y_it|N_i,q_t)
p(y_i|theta
     u) A Capture Example and Speed Test: p(y_i|theta,u)
p(y|theta
     u) A Capture Example and Speed Test: p(y|theta,u)
     u) C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Data Density, p(y|theta,u)
p(z|theta) A Capture Example and Speed Test: p(z|theta)
           C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Data Density, p(z|theta)
partials Optimize Fixed Effects: Example and Test: First Order Partials
paths Installing cppad_mixed in Unix: Paths
pattern Sparse Matrix Information: Notation.Sparsity Pattern
pkg-config Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.pkg-config
pkg_config_path Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: PKG_CONFIG_PATH
                Installing cppad_mixed in Unix: Paths.PKG_CONFIG_PATH
posterior Simulation the Posterior Distribution for Random Effects
          Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
          Sample Posterior for Fixed Effects
posterior: Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
           Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
prefix bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Eigen Prefix
prefixes Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Prefixes
previous Changes and Additions to cppad_mixed: Previous Years
prior C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Prior Density, p(u|theta)
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Prior Density, p(theta)
problem A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem
        C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem
programs Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
         User API Examples: Programs That are Examples and Speed Tests
prototype Ipopt Trace Information: Prototype
          Ipopt Warm Start Information: Prototype
          Optimal Solution Returned by optimize_fixed: Prototype
          Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: Prototype
          Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Prototype
          Sample Posterior for Fixed Effects: Prototype
          Compute the Hessian of The Random Effects Objective: Prototype
          Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: Prototype
          An Ipopt Options Argument: Prototype
          User Defined Class Derived From cppad_mixed: Prototype
public Ipopt Warm Start Information: Public
       The CppAD::mixed Namespace Public Declarations
       Initialization After Constructor: Public
       cppad_mixed: Public Declarations
purpose Example Programs That are Also Speed and Memory Tests: Purpose
        Sparse Matrix Information: Purpose
        Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: Purpose
        Compute the Observed Information For Fixed Effects: Purpose
        Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: Purpose
        Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Purpose
        Sample Posterior for Fixed Effects: Purpose
        Compute the Hessian of The Random Effects Objective: Purpose
        Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: Purpose
        Optimize Fixed Effects: Purpose
        Optimize Random Effects: Purpose
        Initialization After Constructor: Purpose
Q
q_t(theta
     u) A Capture Example and Speed Test: q_t(theta,u)
quasi_fixed A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.quasi_fixed
            A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.quasi_fixed
            Initialization After Constructor: size_map.quasi_fixed
            User Defined Class Derived From cppad_mixed: quasi_fixed
R
r(theta) Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Objective, r(theta)
ran_con_lag Optimal Solution Returned by optimize_fixed: ran_con_lag
ran_like_fun.size_var Initialization After Constructor: size_map.ran_like_fun.size_var
ran_likelihood cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions.ran_likelihood
random Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
       Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
       Constraints On Random Effects: Example and Test
       No Random Effects: Example and Test
       Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
       Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
       Simulation the Posterior Distribution for Random Effects
       Hessian of Random Effects Objective: Example and Test
       Compute the Hessian of The Random Effects Objective
       Optimize Random Effects: Example and Test
       Optimize Random Effects
       Random Likelihood: Example and Test
       Random Likelihood: Example and Test
       User Defined Random Likelihood Function
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Hessian of Random Constraints
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Random Constraints
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Derivative of Optimal Random Effects
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Optimal Random Effects, u^(theta)
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u).Random Effects Objective
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u)
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.Random Constraints
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Problem.No Random Effects
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Function, A*u^(theta)
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Constraint Matrix, A
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Optimal Random Effects, u^(theta)
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Data Density, p(y|theta,u)
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Prior Density, p(u|theta)
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Effects, u
random_constraint A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.random_constraint
random_in Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: random_in
          Optimize Fixed Effects: random_in
          Optimize Random Effects: random_in
random_ipopt_options Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: random_ipopt_options
                     Optimize Fixed Effects: random_ipopt_options
random_lower Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: random_lower
             Optimize Fixed Effects: random_lower
             Optimize Random Effects: random_lower
random_opt Compute the Observed Information For Fixed Effects: random_opt
           Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: random_opt
           Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: random_opt
random_out Optimize Random Effects: random_out
random_seed A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.random_seed
            A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.random_seed
random_upper Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: random_upper
             Optimize Fixed Effects: random_upper
             Optimize Random Effects: random_upper
random_vec Compute the Hessian of The Random Effects Objective: random_vec
           Initialization After Constructor: random_vec
           User Defined Random Likelihood Function: random_vec
reference A Capture Example and Speed Test: Reference
          Description of Ipopt Tracing Output: Reference
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Reference
regularization_size Ipopt Trace Information: regularization_size
release bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Debug and Release
replace An Example Installation: replace
replaced Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Replaced
repository C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Source Code Repository
requirements Installing cppad_mixed in Unix: Special Requirements
             Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements
resize Sparse Matrix Information: resize
restoration Ipopt Trace Information: restoration
returned Optimal Solution Returned by optimize_fixed
rng Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: get_gsl_rng.rng
row Sparse Matrix Information: Notation.Row Major Order
    Sparse Matrix Information: row
run Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Run Example
run_cmake.sh Installing cppad_mixed in Unix: Special Requirements.run_cmake.sh
run_test An Example Installation: run_test
S
s_in Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: new_gsl_rng.s_in
s_out Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: new_gsl_rng.s_out
s_vector Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Vector Types.s_vector
sample Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
       Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: sample
       Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: sample
       Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
       Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
       Sample Posterior for Fixed Effects: sample
       Sample Posterior for Fixed Effects
sample_fixed cppad_mixed: Public Declarations: sample_fixed
sample_fixed_seconds A Capture Example and Speed Test: Output.sample_fixed_seconds
                     A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.sample_fixed_seconds
sample_random Changes and Additions to cppad_mixed During 2016: 06-03.sample_random
              cppad_mixed: Public Declarations: sample_random
scalar Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Scalar Types
scale_f Ipopt Warm Start Information: scale_f
scale_g Ipopt Warm Start Information: g_info.scale_g
scale_x Ipopt Warm Start Information: scale_x
second Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.Second Order, W(beta, theta, u)
see Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: See Also
    Sample Posterior for Fixed Effects: See Also
    User Defined Class Derived From cppad_mixed: See Also
set Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator
simulation Simulation the Posterior Distribution for Random Effects
size_map Initialization After Constructor: size_map
solution Optimal Solution Returned by optimize_fixed
         Compute the Observed Information For Fixed Effects: solution
         Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: solution
         Sample Posterior for Fixed Effects: solution
         Optimize Fixed Effects: solution
source Example Using capture_xam: test2run.Source Code
       A Capture Example and Speed Test: Source Code
       Example Using ar1_xam: test2run.Source Code
       A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Source Code
       Optimize Fixed Effects: Example and Test: Source Code
       An Example Installation: Source
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Source Code Repository
sparse Sparse Matrix Information: Notation.Sparse Matrix
       Sparse Matrix Information
       Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Sparse Types
       Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Sparse Observed Information
sparse_rc Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Sparse Types.sparse_rc
sparsity Sparse Matrix Information: Notation.Sparsity Pattern
special Installing cppad_mixed in Unix: Special Requirements
specific User API Examples: Demonstrate Specific Features
specific_compiler bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: specific_compiler
speed A Capture Example and Speed Test
      A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test
      Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
      User API Examples: Programs That are Examples and Speed Tests
      bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Testing Speed and Memory
      Installing cppad_mixed in Unix: cppad_mixed.Speed
start Ipopt Warm Start Information
      Optimize Fixed Effects: Example and Test: Optimizer Warm Start
      Optimize Fixed Effects: warm_start.Warm Start
      Optimize Fixed Effects: warm_start.No Warm Start
start_near_solution A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.start_near_solution
                    A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.start_near_solution
starting Warm Starting Optimization: Example and Test
statistics CppAD Mixed Wish List: Multi-Threading and Statistics
           CppAD Mixed Wish List: Better Asymptotic Statistics
std_logit_probability A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.std_logit_probability
std_logit_probability_estimate A Capture Example and Speed Test: Output.std_logit_probability_estimate
std_logit_probability_std A Capture Example and Speed Test: Output.std_logit_probability_std
std_probability_ratio A Capture Example and Speed Test: Output.std_probability_ratio
string An Ipopt Options Argument: String
subset Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Unconstrained Subset Covariance
       Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Fixed Effects Subset
suitesparse Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.suitesparse
suitesparse_libs Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: suitesparse_libs
sum_random_effects A Capture Example and Speed Test: Output.sum_random_effects
syntax Example Using capture_xam: Syntax
       A Capture Example and Speed Test: Syntax
       Example Using ar1_xam: Syntax
       A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Syntax
       CppAD Mixed Exceptions: Syntax
       Ipopt Trace Information: Syntax
       Ipopt Warm Start Information: Syntax
       Optimal Solution Returned by optimize_fixed: Syntax
       Sparse Matrix Information: Syntax
       Set, Get, And Free A GSL Random Number Generator: Syntax
       Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Syntax
       Compute the Observed Information For Fixed Effects: Syntax
       Simulation the Posterior Distribution for Random Effects: Syntax
       Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Syntax
       Sample Posterior for Fixed Effects: Syntax
       Compute the Hessian of The Random Effects Objective: Syntax
       Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective: Syntax
       Optimize Fixed Effects: Syntax
       Optimize Random Effects: Syntax
       Initialization After Constructor: Syntax
       User Defined Fixed Effects Constraint Function: Syntax
       User Defined Fixed Likelihood Function: Syntax
       User Defined Random Likelihood Function: Syntax
       User Defined Class Derived From cppad_mixed: Syntax
       Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Syntax
       An Example Installation: Syntax
system Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements
T
temporary Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed: Create Temporary
test Warm Starting Optimization: Example and Test
     Nan's During Optimization of Random Effects: Example and Test
     Lasso on Fixed Effects: Example and Test
     Constraints On Random Effects: Example and Test
     No Random Effects: Example and Test
     Absolute Value In Log-Density: Example and Test
     A Capture Example and Speed Test
     A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test
     Manage GSL Random Number Generator: Example and Test
     Observed Information Matrix: Example and Test
     Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
     Sample From Fixed Effects Posterior: Example and Test
     Hessian of Random Effects Objective: Example and Test
     Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test
     Optimize Fixed Effects: Example and Test
     Optimize Random Effects: Example and Test
     Using Constraints: Example and Test
     Random Likelihood: Example and Test
     Random Likelihood: Example and Test
     mixed_cppad Derived Class: Example and Test
     Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
test2run Example Using capture_xam: test2run
         Example Using ar1_xam: test2run
testing bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: Testing Speed and Memory
tests Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
      User API Examples: Programs That are Examples and Speed Tests
that Example Programs That are Also Speed and Memory Tests
     User API Examples: Programs That are Examples and Speed Tests
the Types Defined in the CppAD Mixed Namespace
    The CppAD::mixed Namespace Public Declarations
    Compute the Observed Information For Fixed Effects
    Simulation the Posterior Distribution for Random Effects
    Compute the Hessian of The Random Effects Objective
    Compute the Hessian of The Random Effects Objective
    Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
    Compute the Hessian of The Fixed Effects Objective
    Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
theory Random Effects Variance May Cause Data Mismatch: Theory
       Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory
theta Mathematical Notation: theta
      A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( u | theta )
      A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Laplace Objective, H(beta, theta, u)
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.Second Order, W(beta, theta, u)
      Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.First Order, U(beta, theta, u)
      C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Fixed Effects, theta
theta_0_estimate A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Output.theta_0_estimate
this Changes and Additions to cppad_mixed: This Year
thrower CppAD Mixed Exceptions: thrower
total Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Total Likelihood
trace Warm Starting Optimization: Example and Test: Optimizer Trace
      Ipopt Trace Information
      Optimize Fixed Effects: Example and Test: Optimizer Trace
trace_init Hessian of Fixed Effects Objective: Example and Test: trace_init
           User Defined Class Derived From cppad_mixed: trace_init
trace_optimize_fixed A Capture Example and Speed Test: Command Arguments.trace_optimize_fixed
                     A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Command Arguments.trace_optimize_fixed
trace_vec Optimal Solution Returned by optimize_fixed: trace_vec
tracing Description of Ipopt Tracing Output
triangular Sparse Matrix Information: Notation.Lower Triangular
true User Defined Class Derived From cppad_mixed: quasi_fixed.true
types Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Sparse Types
      Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Vector Types
      Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Scalar Types
      Types Defined in the CppAD Mixed Namespace
      cppad_mixed: Public Declarations: Cppad Mixed Types
U
u Mathematical Notation: U
  Mathematical Notation: u
  A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( u | theta )
  A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
  C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Random Effects, u
u(beta Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.First Order, U(beta, theta, u)
u) Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Random Constraint Function, B(beta, theta, u)
   Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Laplace Objective, H(beta, theta, u)
   Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.Second Order, W(beta, theta, u)
   Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.First Order, U(beta, theta, u)
   Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Objective.Laplace Approximation, h(theta, u)
   Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Random Likelihood, f(theta, u)
u^(theta) Mathematical Notation: u^(theta)
          Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Optimal Random Effects, u^(theta)
          C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Optimal Random Effects, u^(theta)
unconstrained Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance: Theory.Unconstrained Subset Covariance
unix Installing cppad_mixed in Unix
user User API Examples: Functions Defined by cppad_mixed and Called by User
     User API Examples: Functions Defined by User and Called by cppad_mixed
     User API Examples
     User Defined Fixed Effects Constraint Function
     User Defined Fixed Likelihood Function
     User Defined Random Likelihood Function
     User Defined Class Derived From cppad_mixed
     cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions
     bin/run_cmake.sh: User Configuration Options
using Example Using capture_xam
      Example Using ar1_xam
      Sample Posterior for Fixed Effects Using Conditional Covariance
      Using Constraints: Example and Test
      Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
      Installing cppad_mixed in Unix: Example.Using cppad_mixed
V
val Sparse Matrix Information: val
value Absolute Value In Log-Density: Example and Test
variance Random Effects Variance May Cause Data Mismatch
vec User Defined Fixed Effects Constraint Function: vec
    User Defined Fixed Likelihood Function: vec
    User Defined Random Likelihood Function: vec
vector Types Defined in the CppAD Mixed Namespace: Vector Types
       C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Negative Log-Density Vector
verbose_makefile bin/run_cmake.sh: User Configuration Options: verbose_makefile
version Example and Test Using the Installed Version of cppad_mixed
virtual User Defined Fixed Effects Constraint Function: Virtual Function
        User Defined Fixed Likelihood Function: Virtual Function
        User Defined Random Likelihood Function: Virtual Function
W
w Mathematical Notation: W
w(beta Laplace Approximation for Mixed Effects Models: Approximate Optimal Random Effects.Second Order, W(beta, theta, u)
warm Warm Starting Optimization: Example and Test
     Ipopt Warm Start Information
     Optimize Fixed Effects: Example and Test: Optimizer Warm Start
     Optimize Fixed Effects: warm_start.Warm Start
     Optimize Fixed Effects: warm_start.No Warm Start
warm_start Optimal Solution Returned by optimize_fixed: warm_start
           Optimize Fixed Effects: warm_start
warning cppad_mixed: Public Declarations: User Defined Functions.warning
wget Installing cppad_mixed in Unix: System Requirements.wget
windows CppAD Mixed Wish List: Windows Install
wish CppAD Mixed Wish List
X
x Ipopt Warm Start Information: x_info.x
x_info Ipopt Warm Start Information: x_info
Y
y C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Data, y, z
y_t A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
year Changes and Additions to cppad_mixed: This Year
years Changes and Additions to cppad_mixed: Previous Years
Z
z Mathematical Notation: z
  C++ Laplace Approximation of Mixed Effects Models:
cppad_mixed-20220519: Notation.Data, y, z
z_l Ipopt Warm Start Information: x_info.z_L
z_u Ipopt Warm Start Information: x_info.z_U
| A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( u | theta )
  A First Order Auto-Regressive Example and Speed Test: Problem.p( y_t | u , theta )
||d|| Description of Ipopt Tracing Output: ||d||